冷凍干燥機的應用十分廣泛，主要覆蓋了生物工程、醫藥工業、食品工業、材料科學和農副產品深加工等很多領域，尤其是在生物工程和醫藥工業方面。

　　一、在生物工程領域的應用：

　　在生物技術產品領域，凍干技術主要用于血清、血漿、疫苗、酶、抗生素、激素等藥品的生產；生物化學的檢查藥品、免疫學及細菌學的檢查藥品；血液、細菌、動脈、骨骼、皮膚、角膜、神經組織及各種器官長期保存等。

　　二、在醫藥工業方面的應用：

　　藥品冷凍干燥主要包括西藥和中藥兩部分。西藥冷凍干燥在國內已經得到了一定的發展，很多較大型的制藥廠都有冷凍干燥設備。在針劑方面，冷凍干燥工藝采用的比較多，提高了藥品質量和貯存期限，給醫患雙方都帶來了利益。但目前凍干藥品的品種不多，產品價格高，干燥工藝不先進。在中藥方面，目前還只局限在人參、鹿茸、山藥、冬蟲夏草等少量中藥材的凍干，大量的中成藥還沒有采用凍干工藝，與國外差距較大。日本幾年前就開展了“漢藥西制”，改變了中藥的熬制方法，解決了中藥不能制成針劑或片劑的傳統，也解決了中藥不治急病的難題，因此我國中藥凍干工藝及產品的研究很有潛力可挖。

　　冷凍干燥機的凍干制品成海綿狀、無干縮、復水性好、含水分少，相應包裝后可在常溫下長時間保存和運輸。 由于冷凍式干燥機具有其它干燥方法無可比擬的優點，因此該技術問世以來越來越受到人們的青睞，在醫藥、生物制品和食品方面的應用已日益廣泛。血清、菌種、中西醫藥等生物制品多為一些生物活性物質，冷凍干燥技術也為保存生物活性提供了良好的解決途徑。