制藥凍干機的應用越來越廣泛，主要用于血清、血漿、疫苗、酶、抗生素、激素等藥品的生產；生物化學的檢查藥品、免疫學及細菌學的檢查藥品；血液、細菌、動脈、骨骼、皮膚、角膜、神經組織及各種器官長期保存等。制冷系統設備的選用，其型式應根據所采用的制冷工質、冷量大小、環境條件和使用場合等綜合考慮進行選擇；其主要尺寸則須通過熱力計算和傳熱計算來確定。

　　制藥凍干機的冷凝器形式有外置式和內置式二種，外置式冷凝器與凍干箱是二個互相獨立的部分，它們之間通過一個帶有隔離閥的大口徑通道相連，這種結構的優點是：凍干箱和冷凝器相距較遠，二者的溫度不互相影響，進箱和出箱時凍干箱和冷凝器可以關閉閥門而互相隔離，凍干箱進行預凍和出箱，冷凝器進行化霜均可單獨進行，不會互相影響，節省了整個生產周期的時間，缺點是投資成本高些，占地面積大些。內置式的冷凝器把吸附升華水蒸氣的盤管或金屬放置在凍干箱內，凍干箱和冷凝器合為一體，其優點是升華通道很近，水蒸汽流動阻力小，制造成本低，占地面積小，缺點是由于冷凝的制冷表面與放產品的板層之間距離較小，在溫度上互相有些影響，凍干結束出箱時冷凝器仍需繼續制冷，否則冷凝器表面的冰會溶化，凍干箱內不斷滴水，影響產品殘余水份的含量，冷凝器化霜時，凍干箱不能進行預凍，影響下一批進箱時間，延長了整個生產周期。用戶可以根據具體情況來選擇冷凝器的形式。

　　制藥凍干機符合GMP標準藥品的生產符合GMP的要求，根據這個要求，凍干箱、板層、冷凝器及吸附水蒸氣的表面均用不銹鋼制造，凍干箱的箱門應開向潔凈區，凍干機的構造應利于把潔凈區和機器房封閉隔離，一些重要藥品的生產還要求凍干箱和冷凝器用蒸氣進行滅菌。