隨著工業自動化程度的快速提高，凍干機也越來越受到大家的關注，且其功能也在不斷的改善，已出現自動上料和卸料的功能，而其凍干機自動上料和卸料系統并不適用于所有的公司，目前自動上料和卸料系統一般都在大型企業中使用。此外，還有一個重要的因素取決一個公司是否采用自動上料和卸料系統，就是全球的生產戰略和生產標準的改變驅使公司使用先進的設備。

　　自動上料和卸料系統完全符合的標準，毫無疑問，使用這種系統所生產出的產品可以滿足高端市場的需要，所以自動上料和卸料系統有著競爭性的優勢。一方面，它可以大大減少操作人員對制品的污染；另一方面，它可以為市場提供優秀、穩定的產品。全球性的競爭還要求無菌生產的設施能符合生產多種產品的要求，自動上料和卸料系統是一種多任務設計系統，可以滿足多種產品的生產需要，這種設計對企圖生產多種產品的企業是非常重要的。

　　凍干機自動上料和卸料系統一般適合在新建生產線中使用。從概念上來說，設計者先考慮工藝要求的需要，然后選擇合適的系統。另一個適合用自動上料和卸料系統的情況是在已建廠房的擴展部分生產一種新藥，在這種情況下，此企業已經投入了生產，新生產線只是其產品的一部分，這樣他們就可以充分的利用其它的已有資源來吸收這種新的技術。許多制藥廠商一直在考慮添置一套自動上料和卸料系統，這樣他們在制造工藝上就會有一種優勢，而且客戶也會感覺到這是一種尖端科技，更有利于他們的產品銷量，但是，如果想簡單的用帶自動上料和卸料的凍干機來取代現在的正在運行的設備是不可取的，這樣做會帶來很大的風險，而且還須因此進行相關的程序和技術的認證。其中較重要的問題就是凍干機和灌裝機的吻合和隔離，具體會牽涉到其它很多因素，如產品的產量、地板的平面度、板層的平面度和上料時板層定位的精確度等。

　　上料和卸料系統的質量和小瓶傳輸的方式也非常重要，它們直接影響到生產效率。現今的設備已顯得非常的智能化了。同時，它的整體優勢也較手動上料更加明顯了。