四川省疾病預防控制中心是2002年1月11日經四川省人民政府批準，在撤銷省衛生防疫站、省勞動衛生職業病防治研究所、省寄生蟲病防治研究所、省地方病防治研究所和省結核病防治所基礎上組建而成，是主要從事疾病預防控制與公共衛生技術管理和服務的省級公益事業單位。

2014年1月，中心被四川省疾病預防控制機構評審委員會評為三級甲等疾病預防控制中心。同時掛有“四川省衛生監測檢驗中心”和“四川省預防醫學科學研究院”的牌子。依法承擔疾病預防控制，突發公共衛生事件應急處置、疫情報告及健康相關因素信息管理、健康危害因素監測與干預、實驗室檢測分析與評價、健康教育與健康促進、技術管理與應用研究指導等公共職能。